舞蹈欣賞課程內(nèi)容總結(jié)

傣族：孔雀舞藏族：鍋莊諧.卓彝族：煙盒舞，披氈舞壯族：舂堂舞、扁擔(dān)舞、蜂鼓舞、采茶舞、戽斗舞、繡球舞、撈蝦舞、斑鳩舞（多模仿動(dòng)物）朝鮮族：白鶴舞，扇舞農(nóng)樂舞長(zhǎng)鼓舞扁鼓舞蒙古族：筷子舞維吾爾族：盤子舞，手鼓舞苗族:蘆笙舞漢族：山東秧歌，膠州秧歌，云南花燈。

弗拉明戈斗牛舞--西班牙踢踏舞--愛爾蘭芭蕾舞--俄羅斯古代舞、能樂、民俗舞、歌舞伎--日本婆羅多舞--印度

舞蹈分類：古典舞.民間舞.芭蕾舞當(dāng)代舞國(guó)標(biāo)舞（現(xiàn)代舞）獨(dú)舞.雙人舞群舞舞劇

注：軍隊(duì)舞蹈屬于當(dāng)代舞，當(dāng)代舞大師：吳曉邦，戴愛蓮當(dāng)代舞《千手觀音》編劇張繼鋼，舞蹈元素：以古典舞為基礎(chǔ)國(guó)標(biāo)舞代表：《別》--倫巴元素《情到深處》分類：摩登舞和拉丁舞

三．《千手觀音》賞析《千手觀音》這部舞蹈作品的創(chuàng)作源于我國(guó)敦煌石窟上佛教千手觀音的壁畫形象，該作品創(chuàng)作于201*年，201*年9月28日，在雅典殘奧會(huì)閉幕式演出，201*年央視春節(jié)聯(lián)歡晚會(huì)演出，取得了一致贊譽(yù)。編導(dǎo)為張繼鋼，舞蹈屬于中國(guó)當(dāng)代舞，以中國(guó)古典舞為基礎(chǔ)。舞蹈的主題為“慈與愛，美與善”，由21個(gè)聾啞演員表演，她（他）們通過舞蹈動(dòng)作向觀眾展示形象、情感，更結(jié)合特制的服裝、舞美、音樂合成一體表達(dá)出觀音的至真、至善、至美。這個(gè)舞蹈結(jié)構(gòu)上可以分成三段。第一部分：21名舞蹈演員成一直線，利用手的舒展和收縮來展現(xiàn)千手觀音的千姿百態(tài)，手的動(dòng)作出其不意，領(lǐng)舞面部表情寧?kù)o慈祥，在燈光的映襯下，結(jié)合手的各種伸縮，為觀眾表現(xiàn)出了慈祥寧?kù)o的千手觀音的形象。第二部分：音樂發(fā)生了轉(zhuǎn)換，舞蹈演員離開了圓形的臺(tái)面，在更廣闊的舞臺(tái)先是前后兩人一排表演出敦煌壁畫上觀音的各種“三道彎”動(dòng)作，然后四人成一排表演“三道彎”的動(dòng)作，表現(xiàn)出千手觀音美麗婀娜多姿的形象。第三部分：舞蹈演員又回到一條直線上，在這個(gè)過程中，在領(lǐng)舞后面微露頭和手，表現(xiàn)了千手觀音千手千眼的形象。最后以在一條直線上再次以手的舞動(dòng)作為結(jié)尾。關(guān)于整個(gè)舞蹈給我的感受，首先：這個(gè)舞蹈演員很特殊，舞蹈很感人，21的聾啞人能演繹出如此美妙絕倫的舞蹈很不易，這也從一方面確立了這個(gè)作品的偉大，與其說她們?cè)诒硌菸璧福�不如說她們?cè)谏涎菀粓?chǎng)弘揚(yáng)殘疾人自強(qiáng)不息的贊歌。其次：舞臺(tái)燈光和音樂設(shè)計(jì)的很好，特別是第一部分領(lǐng)舞表演三道彎時(shí)舞臺(tái)燈光的變幻，使得千手觀音的形象莊嚴(yán)肅穆。第二部分的音樂個(gè)人認(rèn)為有些激昂，不是太好。最后：這個(gè)舞蹈?jìng)鬟_(dá)的精神很好，聾啞演員天衣無縫的表演表現(xiàn)了她們自強(qiáng)不息的精神，整個(gè)舞蹈給我們展現(xiàn)的千手觀音慈祥安寧的形象呼應(yīng)了整個(gè)舞蹈的主題表現(xiàn)千手觀音：“慈與愛，美與善”，也傳達(dá)著世人對(duì)構(gòu)建大愛大善世界的向往。

四．《酥油飄香》賞析

舞蹈的創(chuàng)作背景是表現(xiàn)新時(shí)期藏族邊疆人民地區(qū)的軍民和諧共處，軍民魚水相連。創(chuàng)作時(shí)間為201*年，編導(dǎo)達(dá)娃拉姆。選送單位為西藏軍區(qū)政治部文工團(tuán)。整個(gè)舞蹈以不同于以前的以前的表現(xiàn)形式，虛化軍人形象，重點(diǎn)突出藏族婦女為駐邊軍人打酥油的過程，表現(xiàn)出新時(shí)期的軍民魚水情。舞蹈類型為藏族舞和現(xiàn)代舞的結(jié)合。屬群舞。

整個(gè)舞蹈分三部分：第一部分：點(diǎn)題，舞蹈一開始一名藏族女孩子手提軍用水壺繞場(chǎng)橢圓形一圈。然后一群身穿有袖子的藏族勞動(dòng)?jì)D女表演了一段后仰的動(dòng)作，載歌載舞，表現(xiàn)了藏族婦女新的精神面貌。第二部分：打酥油的過程，此段主要是敘事，眾藏族女孩互相比誰打的酥油多和香。此部分的手部用力的打酥油，表現(xiàn)的藏族特別豪放大氣的性格和打酥油的喜歡之情。第三部分：高潮部分，藏族婦女用跨步和搖擺表現(xiàn)她們興奮的心情，運(yùn)用了手腳步調(diào)一致的表現(xiàn)形式，使舞蹈特別靈動(dòng)。然后以眾女孩把打好的酥油倒進(jìn)水壺結(jié)尾，前后呼應(yīng)。

關(guān)于整個(gè)舞蹈給我的感受，首先，我覺得音樂和好聽，在這樣的音樂背景下，透著一股歡快和大氣。藏族年輕女性舞動(dòng)時(shí)身上的掛飾發(fā)出的聲音清脆悅耳，一方面使舞蹈更具有了民族特色，另一方面也折射出了新時(shí)代藏區(qū)人民富足的生活。其次:舞蹈的表現(xiàn)形式新穎，整個(gè)舞蹈中開始和結(jié)尾以一個(gè)軍用水壺表現(xiàn)軍人這個(gè)形象，魚水之情是通過女孩子們勞作時(shí)的情態(tài)和體態(tài)來表現(xiàn)的，年青女子們打酥油的場(chǎng)面輕松、愉快又熱烈，就像是在給自家的兄弟姊妹甚至是心上人打酥油茶，真實(shí)可信又倍感平常和隨意，完全將情感定格在友情與親情上。真正體現(xiàn)了軍民魚水情。再次：整個(gè)舞蹈開始和結(jié)尾的一段舞蹈很有意思，第一部分通過身身體仰靠、雙手搭扣體前、挺胸抬頭，載歌載舞，表現(xiàn)翻身做主，新的時(shí)代風(fēng)貌。第三部分則通過背對(duì)觀眾頷首、伏背、塌腰、甩胯，動(dòng)作隨節(jié)奏變化加力、加速、加大幅度，表現(xiàn)了藏族舞蹈明朗、歡快、奔放的風(fēng)格特色。藏族人民胸襟坦蕩、樂觀豁達(dá)的民族心理通過簡(jiǎn)短有力的單一動(dòng)作展露無疑，極具感染力。同時(shí)身體曲線和服飾特色勾勒出藏族年輕女性美麗的背影，既表現(xiàn)了鮮明的個(gè)性，又韻味雋永。

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課程內(nèi)容總結(jié)

本學(xué)期主要從比較基因組學(xué)、功能基因組學(xué)、基因組學(xué)、結(jié)構(gòu)基因組學(xué)四個(gè)專題學(xué)習(xí)了基因組學(xué)。

一、比較基因組學(xué)

1、比較基因組學(xué)的定義：2、同源性和相似性：

3、直向同源物和橫向同源物：4、共線性和同線性：

5、基因組比較的方法：基因組比較是為了確定不同基因組之間的同源序列。①分子雜交比較法：用Southern分子雜交技術(shù)確定同源序列。基因組共線性模式：

A.thaliana和C.rubella的比較遺傳圖譜。②測(cè)序比較法：用計(jì)算機(jī)確定同源序列。③全核苷酸統(tǒng)計(jì)比較法

④基因比較法：基因數(shù)目、基因同源性、基因種類、基因結(jié)構(gòu)、基因的功能關(guān)系和相互作用。

6、直系同源基因簇：直系同源基因簇?cái)?shù)據(jù)庫(kù)能用于預(yù)測(cè)基因功能。7、鑒別核心功能基因和特殊功能基因

8、基因比較為預(yù)測(cè)基因關(guān)聯(lián)和蛋白質(zhì)互作提供了可能的方法。8、基因融合的例子

9、基因比較能揭示基因變異

10、基因組對(duì)比：基因組對(duì)比能揭示同源區(qū)域、微小共線性

11、模式生物體對(duì)基因組的研究非常重要：一些總所周知的模式生物體12、總結(jié)

二、功能基因組學(xué)

1、為什么需要功能基因組學(xué)？

①結(jié)構(gòu)基因組學(xué)可以揭示基因組中基因的數(shù)量和分布，并預(yù)測(cè)基因的種類和功能，但這僅僅是預(yù)測(cè)而已，并不能肯定其確切功能，而且有許多基因的功能還無法預(yù)測(cè)。

結(jié)構(gòu)基因組學(xué)無法知道各個(gè)基因參與了哪些生命過程，其表達(dá)是如何調(diào)控的，不同基因之間是如何互作的。

③總之，結(jié)構(gòu)基因組學(xué)無法了解基因的確切功能、表達(dá)調(diào)控以及相互作用。功能基因組學(xué)的產(chǎn)生正是為了研究這些內(nèi)容。

2、功能基因組學(xué)是反向遺傳學(xué)：傳統(tǒng)的遺傳學(xué)也稱為正向遺傳學(xué)，它是在已知基因功能的前提下，去尋找基因（序列）的，亦即“從功能到基因”。功能基因組學(xué)正好相反，它是在已知基因（序列）的前提下，去尋找基因功能的，亦即“從基因到功能”，所以也稱為反向遺傳學(xué)。

3、功能基因組學(xué)研究方法：高通量

①建立大規(guī)模突變體庫(kù)及高效篩選：利用T-DNA/轉(zhuǎn)座子插入建立大規(guī)模隨機(jī)插入突變體庫(kù)基因機(jī)器篩選；利用EMS/輻射誘變建立大規(guī)模堿基轉(zhuǎn)換或InDel突變體庫(kù)基因組誘導(dǎo)局部損傷定點(diǎn)篩檢

T-DNA：T-DNA是農(nóng)桿菌Ti質(zhì)粒中的一個(gè)片段。農(nóng)桿菌Ti質(zhì)�？梢詮闹参飩�口侵入植物細(xì)胞，T-DNA可以整合到植物基因組中，并引起細(xì)胞瘋狂分裂，形成冠狀腫瘤。

Ti質(zhì)粒：T-DNA的左右邊界為25bp的重復(fù)序列。中間含有一些負(fù)責(zé)合成植物激素（生

長(zhǎng)素、細(xì)胞激動(dòng)素）的基因，正是它們引起腫瘤發(fā)生。vir基因?qū)τ赥-DNA整合到宿主染色體上是必須的。該基因被植物傷口分泌的小分子物質(zhì)所激活。

用于基因工程的Ti質(zhì)粒：一些有害或無用的基因（如合成植物激素的基因）被除去了。增加了一些必須的基因和元件，包括大腸桿菌的復(fù)制原點(diǎn)和一些選擇標(biāo)記基因。目標(biāo)基因應(yīng)插入在T-DNA中，因此其中必須有多克隆位點(diǎn)。

T-DNA插入突變有兩種：使基因功能喪失或下降插入基因內(nèi)部，破壞基因結(jié)構(gòu)或插在基因周圍，抑制基因表達(dá)；使基因表達(dá)增強(qiáng)在T-DNA中加入增強(qiáng)子，當(dāng)T-DNA插在基因附件時(shí)會(huì)增強(qiáng)基因表達(dá)。

插入突變體庫(kù)的基因機(jī)器篩選：采取基因機(jī)械篩選的策略，可以同時(shí)對(duì)許多基因進(jìn)行篩選，實(shí)現(xiàn)高通量的分析目標(biāo)。主要有以下三種方法：PCR檢測(cè)、分子雜交檢測(cè)、側(cè)鄰DNA測(cè)。

誘變突變體庫(kù)的TILLING篩選：化學(xué)或物理誘變會(huì)導(dǎo)致DNA的堿基轉(zhuǎn)換或插入缺失（InDel）；堿基轉(zhuǎn)換的結(jié)果是突變體與野生型之間存在單堿基多態(tài)性（SNP）；TILLING技術(shù)就是在突變體庫(kù)中高效的篩檢特定基因特定位點(diǎn)的突變。

EMS誘變庫(kù)目標(biāo)區(qū)域的確定：EMS傾向于產(chǎn)生C/G到T/A的轉(zhuǎn)換；只有錯(cuò)義突變或無義突變才可能改變基因功能；根據(jù)基因序列，可以預(yù)測(cè)EMS產(chǎn)生錯(cuò)義突變或無義突變的高發(fā)區(qū)，從而作為篩選的目標(biāo)區(qū)域。

C/G到T/A轉(zhuǎn)換結(jié)果的預(yù)測(cè)、錯(cuò)義/無義突變頻率預(yù)測(cè)、TILLING技術(shù)檢測(cè)單核苷酸突變的基本原理、Cel1內(nèi)切酶傾向于在錯(cuò)配處將DNA雙鏈切斷、用TILLING大規(guī)模檢測(cè)EMS突變體庫(kù)。

②分析基因表達(dá)譜：轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組

轉(zhuǎn)錄組分析：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）是指細(xì)胞中所有mRNA的總和。對(duì)轉(zhuǎn)錄組的分析，就是檢測(cè)各種mRNA的表達(dá)水平，由此可以反映各種基因的表達(dá)調(diào)控，推斷其可能的功能和作用網(wǎng)絡(luò)。

對(duì)轉(zhuǎn)錄組的分析主要有三種方法：SAGE（SerialAnalysisofGeneExpression）、Microarray（微陣列）/DNAchip（DNA芯片）、深度測(cè)序

微陣列、陣列技術(shù)的應(yīng)用、DNA微陣列及其特征（高通量、大規(guī)模、全基因組、對(duì)比）術(shù)語：不同的名稱相同的事物（DNAmicroarray、biochip、DNAchip、genearray、genechip、GeneChip、genomechip）

用于微陣列研究的術(shù)語：Probe；Target；Slide,、array、chip

微陣列類型、不同的制作方法、DNA微陣列類型（cDNA、PCR產(chǎn)物、寡核苷酸）DNA微陣列如何工作？微陣列分析的常規(guī)圖表、制作cDNA微陣列的機(jī)器、掃描微陣列分析系統(tǒng)、微陣列圖像及圖像分析和相關(guān)數(shù)據(jù)分析

利用深度分析基因轉(zhuǎn)錄組：RNA測(cè)序讀數(shù)的多少可以反映基因表達(dá)的水平；RNA測(cè)序可以發(fā)現(xiàn)潛在的新基因、外顯子和內(nèi)含子；以發(fā)現(xiàn)非編碼RNA，包括microRNA

4、RNA干擾：RNA干擾是指dsRNA（雙鏈RNA）在細(xì)胞中可以誘發(fā)與之同源的mRNA降解，從而導(dǎo)致編碼該mRNA的基因沉默的現(xiàn)象。RNA干擾的最初證據(jù)來自1995年Guo和Kemphues對(duì)線蟲的研究。他們發(fā)現(xiàn)，將par-1基因的反義RNA和正義RNA注射進(jìn)線蟲體內(nèi)，都能引起該基因的沉默。基于該研究結(jié)果，1998年AndyFire首次在線蟲中證明，dsRNA可以有效地、特異地抑制基因的表達(dá)。

RNA干擾所需的酶：Dicer：為RNaseIII家族的一個(gè)成員，可以產(chǎn)生雙鏈小型干擾RNA（siRNA，長(zhǎng)度21~23bp）。該酶含有多個(gè)結(jié)構(gòu)域，包括一個(gè)解旋酶結(jié)構(gòu)域，兩個(gè)相鄰的RNaseIII結(jié)構(gòu)域，以及一個(gè)dsRNA結(jié)合基元；RISC（RNA-inducedsilencingcomplex）：由RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體，是一種核酸蛋白復(fù)合體；RdRP（RNA-directedRNApolymerase）：

由RNA指導(dǎo)的RNA聚合酶。

RNA干擾的基本過程：Dicer與dsRNA結(jié)合，將dsRNA剪切成siRNA；siRNA與RISC結(jié)合，形成有活性的RISC復(fù)合體；有活性的RISC與目標(biāo)mRNA結(jié)合（siRNA單鏈與mRNA互補(bǔ)），將mRNA切斷。

dsRNA的來源：用于RNA干擾的dsRNA既可以在體外合成，然后導(dǎo)入到受體細(xì)胞里，也可以人為地構(gòu)建一個(gè)基因（將目標(biāo)基因中某一段序列鏡像對(duì)接），將它導(dǎo)入到受體細(xì)胞，直接在受體細(xì)胞中合成dsRNA。該基因具有自互補(bǔ)結(jié)構(gòu)，因而轉(zhuǎn)錄出來的RNA可以形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)。

三、基因組學(xué)

1、什么是基因組？基因組是一種生物所擁有的整套遺傳物質(zhì)，它包含該生物的全部遺傳信息。絕大多數(shù)生物都以脫氧核糖核酸（DNA）為遺傳物質(zhì)，僅一些病毒以核糖核酸（RNA）為遺傳物質(zhì)。

2、中心法則：

3、DNA和RNA的一級(jí)結(jié)構(gòu)：DNA和RNA是由核苷酸亞基連接成的不分支長(zhǎng)鏈大分子。核苷酸亞基由一個(gè)核糖、一個(gè)磷酸根和一個(gè)堿基（嘌啉、嘧啶）組成。核苷酸亞基由一個(gè)核糖、一個(gè)磷酸根和一個(gè)堿基（嘌啉、嘧啶）組成。

4、DNA和RNA的核苷酸：DNA的核苷酸含2′－脫氧核糖及腺嘌啉（A）、胞嘧啶（C）、鳥嘌啉（G）、胸腺嘧啶（T）4種堿基；RNA的核苷酸含核糖及與DNA相似的4種堿基，但其中胸腺嘧啶（T）被換成脲嘧啶（U）。

5、DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)：DNA在活細(xì)胞中為雙鏈結(jié)構(gòu)，兩個(gè)DNA單鏈通過堿基配對(duì)（遵循A=T、G≡C的原則），靠氫鍵結(jié)合在一起，相互纏繞，形成反向平行的雙螺旋結(jié)構(gòu)。

6、DNA雙螺旋：核糖和磷酸構(gòu)成雙螺旋骨架，具親水性，處于外側(cè)；堿基具疏水性，處于內(nèi)側(cè)；螺旋直徑20；螺距34，含10個(gè)核苷酸對(duì)；大溝寬而深，扇形>180，小溝窄而淺，扇形<180。

7、DNA的變性：

概念：指在物理或化學(xué)因素的作用下，DNA中氫鍵斷裂，雙螺旋解離成兩條獨(dú)立的單鏈的過程。

誘因：加熱、變性劑。

DNA變性的特性：增色效應(yīng)、熔解溫度（Tm）8、DNA的復(fù)性：

概念：消除變性因素后，DNA單鏈通過堿基配對(duì)重新恢復(fù)成雙鏈的過程。若雙鏈為部分變性，則復(fù)性可很快完成。若雙鏈為完全變性，則復(fù)性需很長(zhǎng)的時(shí)間，且很難完全恢復(fù)到原來結(jié)構(gòu)。

DNA復(fù)性的特性：DNA片段越長(zhǎng)，序列越復(fù)雜，則復(fù)性速度越慢；DNA片段越短，序列越簡(jiǎn)單，則復(fù)性速度越快；復(fù)性速度：高度重復(fù)>中度重復(fù)>低度重復(fù)>單拷貝

9、基因組大�。–值）與遺傳信息量

生物進(jìn)化從低等到高等，從簡(jiǎn)單到復(fù)雜，遺傳信息量不斷增加，因而基因組（C值）

也應(yīng)該相應(yīng)不斷增大。

推論：C值與遺傳信息量應(yīng)該是平行的，二者是成正比的。

從大的進(jìn)化尺度看，這個(gè)規(guī)律是成立的；從小的進(jìn)化尺度看，在進(jìn)化早期（低等生物進(jìn)化階段）也是成立的，但在高等生物進(jìn)化階段顯然不成立。

C值悖理（Cvalueparadox）：進(jìn)化程度低的生物C值反而更高；親緣關(guān)系相近的物種間C值差異很大；C值遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了遺傳信息量的需要；結(jié)論：C值并不反映遺傳復(fù)雜性的高低。

C值悖理暗示基因組中存在大量的無用序列。

10、原核生物基因組：原核生物基因組通常為一個(gè)環(huán)狀DNA分子（染色體）。細(xì)菌DNA并非完全裸露，而是與蛋白質(zhì)結(jié)合，這些蛋白質(zhì)類似于真核生物的組蛋白，對(duì)于細(xì)菌DNA結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定和細(xì)胞生長(zhǎng)可能起重要作用。原核生物基因組很小，因而其組織結(jié)構(gòu)十分經(jīng)濟(jì)有效，很少含有無用的多余序列。

原核生物基因組的組織結(jié)構(gòu)特征：基因簇（Genecluster）、基因冗余（Generedundancy）、基因重疊（Geneoverlap）

基因簇：指功能相關(guān)的一組基因按一定順序成串排列的現(xiàn)象。典型的基因簇即操縱子，轉(zhuǎn)錄時(shí)整個(gè)操縱子作為一個(gè)單位受調(diào)控，轉(zhuǎn)錄成一條mRNA。例如大腸桿菌的乳糖操縱子由lacZ、lacY和lacA三個(gè)與乳糖代謝有關(guān)基因串聯(lián)排列而成。

基因冗余：原核生物中，一般蛋白質(zhì)基因都是單拷貝的，但細(xì)菌中rRNA基因（rDNA）是多拷貝的。例如：大腸桿菌，7個(gè)拷貝。基因多拷貝，超過了實(shí)際需要，稱為基因冗余，但有備無患。

基因重疊：最初在噬菌體φx174中發(fā)現(xiàn)�，F(xiàn)在已知，基因重疊現(xiàn)象不僅在病毒中有，而且在細(xì)菌、細(xì)胞器乃至高等真核生物中也有。主要有4種情況：①重疊操縱子：前后兩個(gè)操縱子部分重疊；②同相位重疊基因：兩基因閱讀框重疊；③異相位重疊基因：兩基因序列重疊，但閱讀框不同；④反向重疊基因：兩基因序列重疊，但位于不同鏈上。

11、真核生物基因組：除非特別說明，真核生物基因組一般是指其核基因組。真核生物基因組由多個(gè)DNA分子組成，每個(gè)皆為雙鏈線形分子。每個(gè)DNA分子皆與蛋白質(zhì)結(jié)合，構(gòu)成染色體，染色體上有著絲粒結(jié)構(gòu)，可以進(jìn)行有絲分裂。

真核生物基因組的組織結(jié)構(gòu)特征：①間斷基因（Interruptedgene）、②基因家族與基因簇（Genefamily&clus）、③串聯(lián)重復(fù)基因（Tandemlyrepeatedgenes）、④重復(fù)序列（Repeatedsequence）

真核生物基因結(jié)構(gòu)：

12、真核生物染色體的三大要素：著絲粒、端粒、復(fù)制原點(diǎn)

四、結(jié)構(gòu)基因組學(xué)

一）、基因組研究

1、為什么要研究基因組？2、基因組研究的目的和內(nèi)容3、基因組研究的分支：

①結(jié)構(gòu)基因組學(xué)：研究基因組的組成和結(jié)構(gòu)。

②功能基因組學(xué)：研究基因組中所有基因的功能、表達(dá)調(diào)控和相互關(guān)系。③比較基因組學(xué)：研究基因和基因組的進(jìn)化。

4、基因組研究的特點(diǎn)：全局性、高效性、綜合性、先進(jìn)性二）、結(jié)構(gòu)基因組學(xué)

1、結(jié)構(gòu)基因組學(xué)的研究?jī)?nèi)容：遺傳作圖、物理作圖、基因組測(cè)序、基因組注釋2、基因組圖：細(xì)胞學(xué)圖、遺傳圖、物理圖、序列圖，分辨率逐級(jí)提高

3、遺傳作圖：應(yīng)用遺傳學(xué)的方法構(gòu)建能夠顯示基因和特定序列在基因組中的相對(duì)位置的圖譜。圖距單位：cM。

遺傳標(biāo)記：指能夠明確識(shí)別的、在生物群體中存在等位差異（稱為遺傳多態(tài)性）的生物學(xué)特征。由于遺傳分析是以變異為基礎(chǔ)的，因此，沒有遺傳多態(tài)性的特征是不能做為遺傳標(biāo)記的。

根據(jù)遺傳多態(tài)性表現(xiàn)的水平，遺傳標(biāo)記主要有以下幾種類型：形態(tài)標(biāo)記、生化標(biāo)記、分子標(biāo)記。

遺傳作圖的基本原理：連鎖分析

重組率和遺傳圖距：重組率（r）的計(jì)算式、作圖函數(shù)、圖距單位

構(gòu)建分子遺傳圖譜的基本程序：選擇雜交親本；建立遺傳作圖群體；篩選多態(tài)標(biāo)記；檢測(cè)群體中每個(gè)個(gè)體的標(biāo)記型；分析標(biāo)記數(shù)據(jù)，建立連鎖群；確定連鎖群所屬的染色體。

4、物理作圖：應(yīng)用分子生物學(xué)的方法直接分析DNA分子，從而構(gòu)建能夠顯示基因和特定序列在基因組中的絕對(duì)位置的圖譜。圖距單位：kb。

物理圖的構(gòu)建大致有兩個(gè)步驟：建立能夠覆蓋整個(gè)基因組的基因組文庫(kù)；找出基因組文庫(kù)中各個(gè)克隆間的相互重疊關(guān)系，將它們排列起來，建立克隆重疊群（contig）。

構(gòu)建基因組文庫(kù)的基本程序：提取基因組總DNA；對(duì)基因組總DNA進(jìn)行不完全酶切；針對(duì)所用的克隆載體的容量，用脈沖場(chǎng)凝膠電泳（PFGE）技術(shù)分離合適大小的DNA片段；將獲得的DNA片段插入到載體中；用攜有插入片段的載體對(duì)細(xì)菌（或酵母）進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化，將目標(biāo)DNA片段引入細(xì)胞；對(duì)轉(zhuǎn)化細(xì)胞進(jìn)行選擇，建立攜帶不同DNA片段的單細(xì)胞系（克�。�。

不完全酶切是為了能夠獲得大小合適、相互重疊的DNA片段。

克隆載體種類：質(zhì)粒、噬菌體、粘粒、細(xì)菌人工染色體、酵母人工染色體。載體的選擇和庫(kù)容量的確定：高等生物的基因組很大，因此通常選用克隆容量較大的載體BAC和YAC。YAC雖然克隆容量最大，但它存在轉(zhuǎn)化率低、分離獲得DNA較難、重組率高的缺點(diǎn)。因此，在BAC能夠滿足需要的情況下，人們更傾向使用BAC而不使用YAC。為了保證所克隆的DNA片段能夠完整地覆蓋整個(gè)基因組，并且能夠正確地建立重疊群，克隆片段長(zhǎng)度的總和必須數(shù)倍于基因組的長(zhǎng)度。例如，國(guó)際水稻基因組測(cè)序計(jì)劃在構(gòu)建水稻基因組物理圖時(shí)，建立的BAC文庫(kù)共包含2201*個(gè)克隆，每一插入片段平均長(zhǎng)度為120kb，總長(zhǎng)為26.4億bp，是水稻基因組長(zhǎng)度（4.3億bp）的6倍多。

文庫(kù)質(zhì)量的檢驗(yàn)：在構(gòu)建好DNA文庫(kù)后，還必須對(duì)文庫(kù)的質(zhì)量（亦即插入片段的平均長(zhǎng)度）進(jìn)行檢驗(yàn)。具體做法是：隨機(jī)選擇一些克隆，將載體DNA提取出來，用插入位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的限制酶進(jìn)行酶切，然后在瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳，檢測(cè)各個(gè)克隆插入片段的大小，由此估計(jì)整個(gè)文庫(kù)插入片段的平均大小。

克隆的整理和保存：對(duì)獲得的陽(yáng)性克隆，可以整齊的排放在384孔板上，每個(gè)孔放一個(gè)克隆，這樣有利于對(duì)克隆進(jìn)行編號(hào)和查找。最后將這些克隆放在－84°C超低溫冰箱中保存。

重疊群的構(gòu)建方法：指紋法、錨標(biāo)法

5、基因組測(cè)序：構(gòu)建最精細(xì)的基因組物理圖譜。圖距單位：bp。①全基因組測(cè)序：擬南芥、水稻

②cDNA測(cè)序：擬南芥、水稻、其它許多植物種DNA測(cè)序方法：鏈終止測(cè)序；化學(xué)降解測(cè)序

鏈終止測(cè)序原理：為測(cè)定某一種堿基在序列中的位置，在PCR反應(yīng)體系中同時(shí)加入該堿基的脫氧核苷酸（dNTP）和雙脫氧核苷酸（ddNTP）。DNA聚合酶不能區(qū)別dNTP和ddNTP，因而ddNTP也能摻入到合成鏈中。但由于ddNTP中缺少3′位OH基，故鏈合成在其摻入位被迫終止。ddNTP摻入的位置決定了合成的DNA鏈的長(zhǎng)度，而DNA鏈的長(zhǎng)度可以通過高分辨率的測(cè)序膠電泳得以區(qū)分。這樣，按電泳條帶遷移距離的先后順序讀出相條帶遷移距離的先后順序讀出相應(yīng)的核苷酸（堿基），即可得到被檢DNA的序列。注意應(yīng)按鏈的合成方向讀序列。

全基因組測(cè)序策略：基于物理圖測(cè)序、全基因組隨機(jī)測(cè)序、基于物理圖測(cè)序與全基因組隨機(jī)測(cè)序相結(jié)合。

6、基因組注釋：應(yīng)用生物信息學(xué)的方法，對(duì)基因組序列進(jìn)行分析，對(duì)其中的各種成分以及可能的基因功能進(jìn)行標(biāo)注。

基因組序列的注釋：在得到基因組序列后，接下來的任務(wù)就是借助于計(jì)算機(jī)對(duì)序列進(jìn)行分析，根據(jù)各種基因組成分（包括基因、調(diào)控位點(diǎn)、間隔序列、重復(fù)序列等）的特征，搞清基因組序列中各個(gè)區(qū)段的含義，并將這些信息標(biāo)注到序列上。這項(xiàng)工作稱為注釋（annotation）。這里最重要的當(dāng)然是對(duì)基因的識(shí)別，不僅要識(shí)別哪一段序列為基因，而且還要識(shí)別它屬于哪一類基因，可能具有什么功能。

7、通過搜索ORF來識(shí)別基因：ORF（openreadingframe，開放閱讀框）由起始密碼（ATG）和終止密碼（TAA、TAG或TGA）來確定。理論上可以預(yù)計(jì)，在隨機(jī)的DNA序列中，可能出現(xiàn)的ORF的長(zhǎng)度一般都不超過50bp。而基因的ORF的長(zhǎng)度一般都在100bp以上。因此，以100bp的ORF長(zhǎng)度為界，原則上就能可靠地識(shí)別出基因。由于原核生物基因組中沒有內(nèi)含子，而且很少有間隔序列，因此上述簡(jiǎn)單的ORF搜索方法在原核生物中的應(yīng)用十分有效。但是，該方法在真核生物中卻效果很差，這是因?yàn)檎婧松�物中存在�?nèi)含子和大量的間隔序列。所以，不能用簡(jiǎn)單的ORF搜索方法來識(shí)別真核生物的基因。

ORF搜索方法的改進(jìn)：檢查密碼的偏向、檢查外顯子－內(nèi)含子邊界（剪接位點(diǎn)）、檢查上游控制序列。

通過同源搜索確定基因：所謂同源搜索就是將從ORF搜索得到的可能的編碼序列與保存于基因數(shù)據(jù)庫(kù)中的已知基因的序列進(jìn)行比較。如果被檢序列與某個(gè)（些）已知基因序列存在較大的相似性（同源性），則可確定被檢序列是基因序列，并可推斷其功能。隨著基因數(shù)據(jù)庫(kù)中登記的已知基因數(shù)量的不斷增加，同源搜索方法變得越來越有效�；�因數(shù)據(jù)庫(kù)中不僅存有已知功能的基因序列，而且還存有大量的未知功能的基因的表達(dá)序列（cDNA）。許多植物都在進(jìn)行大規(guī)模的cDNA測(cè)序工作。因此，以后通過同源搜索確定基因?qū)⒆兊梅浅Ｈ菀�。用氨基酸序列進(jìn)行同源搜索更可靠。

序列比較的基本方法：點(diǎn)陣法

8、cDNA測(cè)序、cDNA的合成、EST（expressedsequencetag，EST）與全長(zhǎng)cDNA、cDNA的克隆、cDNA測(cè)序的策略

9、下一代測(cè)序技術(shù)：高通量測(cè)序，深度測(cè)序

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